日本RCEP原产地证是在日本境内对所出口商品的产地进行认定的证明文件，该证书适用于自由贸易协定所涵盖的国家或地区，是贸易往来中的必备文件之一。在日本贸易公司进口出口交易中，通常需要开具RCEP原产地证，以证明商品的产地、品质、原材料等信息，为顺利办理通关及后续的退税、免税等手续提供依据。在办理RCEP原产地证时，贸易公司可以选择自行办理或通过代理办理，下面我们来介绍这两种方式的具体流程。

自行办理RCEP原产地证的流程如下：
1. 根据产品的HS编码确定需要办理RCEP原产地证件的种类。
2. 确定证件申请日期及提交时间，并准备好相应申请材料：
a.申请表格：在日本的贸易公司可以从日本各具有相应资质机构申请、领取或下载RCEP原产地证申请表格。
b.出口商品销售合同或发票：合同或发票需要明确商品名称、规格、数量、单价等信息。
c.产品生产过程文件：包括原材料、加工工艺、生产流程等。
d.产品的生产营业执照：贸易公司的生产销售许可证明文件。
e.生产设施及所用设备情况证明文件。
f.包装材料、运输证件等。
3. 贸易公司自行填写并提交RCEP原产地证的申请表格，附上相应的申请材料，并缴纳相应的费用。
4. 申请材料审核及连结货物品质检查，审核部门在核实申请材料完整的情况下，将要求贸易公司将货物送往指定的品质检测机构进行检测。经过检测并符合质检标准后，将确定货物真实性、原产地、合法性等信息，为办理RCEP原产地证提供必要支持。
5. RCEP原产地证的办理：审核部门在审核合格的申请材料与品质报告信息后，正式发放RCEP原产地证件。

通过代理办理RCEP原产地证的流程如下：
1.选择代理机构：贸易公司可通过公开招标或是自主选择代理机构，选择具有良好信誉、能力高的代理机构办理RCEP原产地证。
2. 签署代理协议并提供必要信息：贸易公司与代理机构签订代理协议，将需要办理的RCEP原产地证相关信息，如产品名称、规格、数量、单价等信息提供给代理机构。
3. 代理机构根据贸易公司提供的信息，进行相关公司生产资质审核及品质检测。
4. 填写并发放RCEP原产地证，将证书快递至贸易公司提供的地址。

总结：简单来说，自行办理RCEP原产地证证书，需要贸易公司进行证照申请、材料审核、品质检测等各个环节的工作，工作量较大，流程复杂，但相比代理，自行办理可节约一定办理费用。而通过代理办理RCEP原产地证，就需要贸易公司选择有资质、资金实力强、信誉良好的代理机构进行办理，可以节约贸易公司大量时间和精力，而且的代理机构还可以为贸易公司提供更多的检查和审核意见和建议，提高贸易公司的生产质量和贸易效率。